土地资源
玉溪市土壤有6个土纲、9个亚纲、11个土类，主要类型有赤红壤、红壤、黄棕壤、棕壤、暗棕壤、燥红土、紫色土、石灰（岩）土、新积土（冲积土）、沼泽土、水稻土。其中，赤红壤自然肥力较高，是玉溪市生产潜力最大的土壤资源；红壤增长潜力大，是全市粮、油、 烟的主产区；黄棕壤雾霾多，湿度大，适宜发展茶叶等经济林木；暗棕壤分布区为森林，湿度大，林下苔藓密布，是重要的林业生产基地。
植物资源
全市森林覆盖率54.2%，林木绿化率为16%。玉溪市境内生存国家重点保护野生植物有34种、珍贵树种14种，列入云南省珍稀涉及危保护植物的有10种。 国家Ⅰ级保护植物有9种：篦齿苏铁、元江苏铁、云南苏铁、银杏、云南红豆杉、水杉、伯乐树、长蕊木兰、华盖木。国家Ⅱ级重点保护植物有25种：苏铁蕨、桫椤、阴生桫椤、金毛狗、扇蕨、蓖子三尖杉、翠柏、福建柏、黄杉、十齿花、午里榄仁、樟树、润楠、红豆树、厚朴、水青树、红椿、毛红椿、喜树、董棕、龙棕、金荞麦、香果树、蚬木、榉树。国家珍贵树种14种：伯乐树、香果树、蚬木、蓖子三尖杉、黄杉、云南樟木、长蕊木兰、厚朴、华盖木、水青树、红椿、野茶树、滇桐、榉木。列入云南省珍稀涉及危保护植物的有10种：云南山茶花、云南梧桐、栌菊木、滇菠萝密、龙眼旱地油松、云南紫薇、林生芒果、姜状三七、大王杜鹃、似血杜鹃等。古树名木44株，其中红塔区8株、江川县8株、澄江县1株、通海县7株、华宁县2株、易门县13株、峨山县1株、新平县4株、元江县6株。
动物资源
玉溪市境内生存国家重点保护陆生野生动物有72种、省级重点保护野生动物5种、三有野生动物200余种。 国家一级保护动物有19种：黑长臂猿、黑冠长臂猿、蜂猴、熊猴、灰叶猴、黑叶猴、云豹、豹、黑麂、林麝、金雕、黑鹳、灰腹角雉、红腹角雉、黑颈长尾雉、白冠长尾雉、绿孔雀、蟒蛇、巨蜥。国家二级保护动物53种：短尾猴、猕猴、穿山甲、豺、黑熊、大灵猫、小灵猫、斑林狸、丛林猫、猞猁、金猫、鬣羚、斑羚、岩羊、水鹿、鸳鸯、凤头蜂鹰、黑冠鹃隼、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、灰脸鵟鹰、黑鸢、蛇雕、游隼、燕隼、红隼、白腿小隼、白比鹭、白鹇、黑鹇、原鸡、白腹锦鸡、红腹锦鸡、棕背田鸡、大绯胸鹦鹉、紫胸鹦鹉、灰头鹦鹉、草鴞、鹰鴞、雕鴞、红角鴞、领角鴞、棕颈犀鸟、冠斑犀鸟、楔尾绿鸠、小鸦鹃、绿喉蜂虎、大壁虎、红瘰疣螈、虎纹蛙。云南省省级重点保护野生动物5种：狼、毛冠鹿、云猫、眼镜蛇、眼镜王蛇。国家保护的有益或有重要经济科学研究价值的陆生野生动物（简称“三有”野生动物）200余种：如野猪、草兔、豹猫、赤麂、松鼠、竹鼠、海狸鼠、普通秧鸡、果子狸、绿头鸭、鹌鹑、鹧鸪、斑鸠、八哥、白鹭、小田鸡、啄木鸟、家燕、画眉、银耳相思鸟、山雀、麻雀、喜鹊、棘胸蛙、蜥蜴、滑鼠蛇、百花锦蛇、乌梢蛇、金环蛇、银环蛇、竹叶青等。
矿产资源
截止2013年，全市共发现各类矿产45种，其中能源矿产2种，金属矿产11种，非金属矿产32种，探明资源储量矿产42种。铁、铜、镍、磷、石灰岩矿为玉溪市优势矿产，铁矿主要分布在新平、峨山、红塔区、易门县，铜矿主要分布在新平、元江、易门县，镍矿主要分布在元江、新平县，磷矿主要分布在澄江、江川、华宁县，石灰岩矿全市都有分布。
水资源
玉溪境内流域面积在100k㎡以上的主要河流有元江干流、绿汁江、南盘江及曲江等30多条，东部地表水系除珠江水系的各支流外，还有高原断陷湖波抚仙湖、星云湖、杞麓湖和阳宗海。抚仙湖面积212k㎡，湖面水位海拔1721m，最深达155m，平均水深87m，是中国第二深水湖，总蓄水量185亿m3;星云湖面积34.7k㎡，平均水深7m，蓄水量1.89亿m3，正常蓄水位海拔1722.15m;杞麓湖面积37.26k㎡，平均水深4.5m，蓄水量1.68亿m3，正常蓄水位海拔1797.25m;阳宗海面积31k㎡，平均水深20m，蓄水量6.02亿m3。玉溪市水能蕴藏量达144万千瓦，可开发的有54万千瓦。
旅游资源
截止2013年，全市国家级A级以上的景区19个，其中AAAA级4个，分别是通海秀山历史文化公园、玉溪汇龙生态园、映月潭修闲文化中心、澄江禄充景区；AAA级2个，分别是江川古滇国文化园、新平漠沙大沐浴花腰傣文化生态村；AA级13个，分别是易门县龙泉国家森林公园、华宁县象鼻温泉度假村、江川明星碧云寺公园、江川明星鱼洞景区、峨山高香万亩生态茶文化旅游区、玉溪九龙池公园、新平大槟榔园民族文化生态旅游村、新化古州野林、新平县龙泉公园、陇西世族庄园（土司府）旅游景区、元江世界第一高桥景区、澄江西浦公园、澄江凤山公园。通海县为国家级历史文化名城，澄江古生物化石群被列入世界自然遗产名录。全市拥有星级饭店38家；国际国内旅行社31家；全国工业旅游示范点1个：红塔集团，云南省级特色旅游小镇3个.